华智生物与黑龙江农科院合作在粳稻基因组研究方面取得新进展

分类：科技进展
作者：
来源：
发布时间：2021-07-08 23:34
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【概要描述】近日，华智生物技术有限公司（华智生物）与黑龙江省农业科学院水稻所合作完成了239份来自于中国、日本和韩国的粳稻品种的全基因组重测序，共鉴定出35634个基因的480万余个SNPs和PAV。

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华智生物与黑龙江农科院合作在粳稻基因组研究方面取得新进展

【概要描述】近日，华智生物技术有限公司（华智生物）与黑龙江省农业科学院水稻所合作完成了239份来自于中国、日本和韩国的粳稻品种的全基因组重测序，共鉴定出35634个基因的480万余个SNPs和PAV。

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发布时间：2021-07-08 23:34
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近日，华智生物技术有限公司（华智生物）与黑龙江省农业科学院水稻所合作完成了239份来自于中国、日本和韩国的粳稻品种的全基因组重测序，共鉴定出35634个基因的480万余个SNPs和PAV。

与我国东北地区的主栽品种相比，日本和韩国的粳稻品种亲缘关系更相近，且多样性比中国品种低。构建了粳稻pan基因组，鉴定了35Mb长度大于100bp的非冗余新序列，预测了1131个新的全长新基因。我国东北地区的粳稻品种在育种过程中经历了较强的人工选择，特别是对抽穗期基因Hd1和Hd3a进行了人工选择，培育出适应东北气候的早熟粳稻新生态类型。对Pi2、Pi3/5、Piz、Ptr、Pita、Xa21、Hd1、SCM2、SCM3、Cold1、pms3、Wx、badh2等与我国备份粳稻抗性、品质等性状相关的基因进行了深入解析，发现大部分粳稻品种具有抗白叶枯病基因Xa21和耐冷性基因Cold1的有利基因型，其中龙粳31号和龙粳46号是我国种植面积最大的品种，均带有SCM3的有利等位基因（抗倒伏），但龙粳31号带有Pita和Ptr的有利等位基因，使其比龙粳46号更抗稻瘟病。基因组对比发现有20余个龙粳系列品种直接或间接来源于一个日本引进品种空育131，有95个东北粳稻品种与空育131的基因组相似度超过67%。龙粳系列品种在第2、3、6、8、12号染色体的基因组区域检测到强选择信号，通过对sd1, sh1, Gs3, Gs5, DEP1, Ghd7 (Hd17), Gn1a, Wx, fgr (badh2), chalk5, ALK, Hd1, Ehd1, Hd6, Hd3a等基因的深入分析发现生育期基因Hd1、Hd3a和Hd17在育种过程中被人为选择，与选育早熟粳稻品种以适应北方的气候完全一致。