2018年8月21日，国际知名植物杂志New Phytologist 在线发表论文“Pan-genome of cultivated pepper (Capsicum) and its use in gene presence-absence variation analyses”，该论文由湖南省农科院、华智生物、华中农大合作完成。该论文第一作者为湖南省蔬菜研究所研究员欧立军博士，邹学校院士为通讯作者。湖南省蔬菜研究所马艳青、戴雄泽、陈文超研究员、博士研究生吕俊恒等辣椒研究团队成员，以及华智生物技术有限公司李东博士等均参与了此项工作。

为了研究种内遗传变异与多样性，近年来相关研究团队对一些重要的的作物品种如玉米、大豆、水稻及小麦等开展了泛基因组研究，这些物种的泛基因组研究显示物种内的基因存在-缺失变异(presence-absence variation；PAV)影响了不同栽培种之间的性状差异。 而辣椒作为全球范围内比较重要的农作物，主要有5个栽培种： C. annuum L., C. frutescens L., C.chinense Jacquin, C.baccatum L. and C. pubescens Ruiz ＆Pavon。这五大栽培种辣椒均有12条染色体。C. annuum L.椒栽培品种Zunla-1和CM334在2014年完成测序。C. baccatum PBC81 与 C. chinense PI159236栽培品种在2017年也已经完成测序。辣椒不同栽培种基因组大小的变异在3.2-3.9 Gb之间，其中约有80%的基因组区域为重复序列。

本研究在对来自世界不同地区的384份辣椒种质进行重测序的基础上，构建了第一个辣椒的泛基因组，同时建立了一个在线网站PepperPan(http://www.pepperpan.org:8012/)以方便全球的研究者获取有关辣椒泛基因组的数据。由于辣椒基因组的高度重复特性导致单核苷酸多态性SNP的鉴定存在潜在的错误，因此本研究在进化分析和全基因组关联分析时并未基于SNP的数据，而是采用了PAV的结果。利用基因上read的覆盖度信息，研究鉴定了辣椒素和类胡萝卜素这两个辣椒区别于其它作物最重要的化合物的生物合成通路关键基因的遗传变异。该研究成果对于揭示辣椒种间基因组遗传多样性，同时基于基因PAV对系统发育研究和主要农艺性状的GWAS分析具有重要意义。